税務調査が入り、法人税について、税務署から指摘がありその指摘通り修正申告をするとしましょう。
では、その時法人税の修正申告で納付した税に関する税務処理はどのようにすればよいのでしょうか。

経理上の勘定科目の仕分けは、「法人税及び住民税」または「租税公課」での経理処理を行います。
そして、確定申告の際に顧問税理士の方に調整してもらえばよいようです。

法人税の税務調査は修正申告と追徴課税を納付するまでと言えるでしょう。
しかし、正確には、税務調査とは、法人であれば、税を納めている限り、永遠に終わることのないものなのではないでしょうか。
税を納める限り、その申告、納税が正しいのもであるかどうかの調査が続いていくのです。
これが納税の義務と税務調査との関係なのです。

日本の納税は自己申告制になっています。
自己申告だからこそ、所得隠しを行うなど、法人税の過小申告を行う企業が出てくるのです。
だったら自己申告にしなければいいのに・・・
と思う人も少なくないのではないでしょうか。
私もまだまだ勉強不足、なぜ自己申告制になっているのかは知りませんが、日本の税のシステムがそうなのだから、それに従って、正しく納税していくことが義務なのです。
法人税、正しく申告して、税務調査を怖いと思わない企業になりたいですね。

先日税務調査が入り、税務署届いた法人税などの修正申告分を支払ました。
この経理上の処理はどのようになりますか？
勘定科目は租税公課で宜しいでしょうか？

法人税等／預金
摘要欄に修正申告分法人税等の税目を書かれていれば宜しいかと思います。

仕訳は租税公課 か 法人税及び住民税 二者選択（自由選択）となります。

そして法人税確定申告時に税理士が申告調整して、法人税別表作成時に、所得に加算となります。