法人税は、単純に考えると、企業の利益に対してかかる税のことです。
ということは、赤字の企業には、法人税がかからないことになると言うことです。

では、赤字の企業には税務調査が入らないのでしょうか？
答えはノーです。

企業があの手この手を使って、実際には黒字決算で、法人税を本来ならば納めなくてはならないところを赤字だと申告している可能性があるからです。
実際に赤字の企業からしてみれば、いい迷惑ですよね。
しかし、調査の結果、黒字であると判断され、法人税を納付していないと判断されると、法人税を含め、追徴課税が課せられます。
故意であれば、重加算税を課せられます。

不況の影響で、企業が軒並み赤字になっています。
そのような企業が増える中、せっかくの黒字決算を喜ばず、あえて赤字に税務処理する企業が入ることから、赤字企業でも、黒字企業でも、平等に税務調査は入るのです。

では、調査の結果、税務署からの指摘を受け、法人税などの修正申告を支払った場合、その経理処理の仕訳は「租税公課」もしくは「法人税及び住民税」になります。

残念ながらその結果、調査が３年後に再びあることが確定してしまいます。
経理ミスなどが原因の場合は、調査で間違えを指摘されたことによって、正しい税務処理の仕方を一つ覚えたと思えばいいことです。
しかし、故意に処理を行っていた場合は、３年間で心を入れ替え、正しい申告をするようにしないと、エンドレスに調査が入ることになってしまいますよ。